Sinh ra trong một gia đình ở vùng quê nghèo xã Ngọc Động, huyện Quảng Uyên, từ bé chị Vân theo cha mẹ ra sinh sống tại thị xã Cao Bằng (nay là thành phố Cao Bằng), từ khi còn nhỏ Chị đã nhiều lần được vào bệnh viện cùng với người thân, chính những lúc nhìn thấy những người bác sĩ, y tá đang giúp bệnh nhân chiến đấu với bệnh tật lúc đó đã ăn sâu vào tâm trí của Chị và từ đó thôi thúc chị luôn có một tâm niệm rằng - sau này mình sẽ là thầy thuốc, để cứu chữa, giúp đỡ những mảnh đời bất hạnh không may bị ốm đau, đặc biệt là những người nghèo.
Tốt nghiệp Đại học Y khoa Bắc Thái (nay là Đại học Y - Dược Thái Nguyên) năm 1994, sau khi ra trường bác sĩ Vân về nhận công tác tại Trung tâm Y tế huyện Quảng Uyên, trong quá trình công tác Chị luôn nhận được sự tin tưởng của cấp trên, sự tin yêu của đồng nghiệp và sự hài lòng của người bệnh. Năm 2007, chị Vân được đơn vị tín nhiệm bầu giữ chức vụ Chủ tịch công đoàn của đơn vị cho đến nay.
Trên cương vị mới, Chị đã chủ động định hướng xây dựng chương trình công tác, kế hoạch hoạt động của Công đoàn phù hợp với tình hình thực tế của tổ chức Công đoàn cơ sở, phân công nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên trong Ban Chấp hành Công đoàn phụ trách Tổ Công đoàn các khoa, phòng ngay từ đầu năm. Đồng thời, thường xuyên liên hệ mật thiết với đoàn viên, công nhân viên chức và người lao động (CCVC&LĐ) để từ đó kịp thời nắm bắt những tâm tư nguyện vọng và mong muốn của CCVC&LĐ và đề xuất phương hướng, biện pháp tổ chức hoạt động cho phù hợp với tình hình cụ thể.
Trong quá trình công tác Chị luôn tích cực tuyên truyền, vận động đoàn viên, CCVC&LĐ tham gia các hoạt động xã hội, đền ơn đáp nghĩa, tương thân, tương ái, quyên góp đầy đủ các loại quỹ do các cấp phát động. Công đoàn phối hợp với chính quyền tổ chức thực hiện tốt phong trào ủng hộ các loại quỹ từ thiện, kịp thời đúng thời gian quy định của các cấp phát động, mọi CCVC&LĐ tích cực tham gia và thấy rõ trách nhiệm, nghĩa vụ của mình đối với cộng đồng và xã hội. Bên cạnh đó, bản thân Chị luôn quan tâm, tạo điều kiện, động viên nữ CCVC&LĐ nỗ lực, phấn đấu thực hiện các chỉ tiêu thi đua trong phong trào thi đua "Giỏi việc nước, đảm việc nhà" gắn với phong trào "Phụ nữ tích cực học tập, lao động sáng tạo, xây dựng gia đình hạnh phúc"; động viên, khuyến khích chị em luôn phát huy vai trò, trí tuệ và năng lực chuyên môn trong mọi lĩnh vực công tác.
Tổ chức và tạo điều kiện cho CCVC&LĐ tham gia các Hội thi Nữ công gia chánh, văn nghệ, thể thao… để chào mừng kỷ niệm các ngày lễ lớn của đất nước, của ngành và của địa phương.
Ngoài ra, luôn động viên, thăm hỏi kịp thời khi đoàn viên, CCVCLĐ ốm đau, gia đình gặp khó khăn, hoạn nạn và trong việc hiếu, hỷ… đồng thời luôn quan tâm thực hiện Quỹ “Mái ấm công đoàn” cho đoàn viên công đoàn có hoàn cảnh khó khăn về nhà ở trình Công đoàn cấp trên xem xét, phê duyệt và được "Quỹ xã hội" của Liên đoàn lao động tỉnh hỗ trợ cho 03 đoàn viên công đoàn sửa lại nhà ở đã xuống cấp, dột nát... với tổng số tiền là 60 triệu đồng. Qua đó, đã kịp thời động đoàn viên công đoàn yên tâm công tác, vượt qua khó khăn, ổn định cuộc sống và tiếp tục nỗ lực hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao góp phần thực hiện thắng lợi nhiệm vụ chính trị của Ngành trong sự nghiệp chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân.
Bên cạnh làm tốt công tác công đoàn, Chị luôn quan tâm đến công tác nghiên cứu khoa học để ứng dụng vào chuyên môn tại đơn vị, góp phần nâng cao chất lượng chăm sóc sức khỏe cho nhân dân trên địa bàn huyện nhà. Từ năm 2012 đến năm 2017, Chị đã có 06 đề tài nghiên cứu khoa học được Hội đồng Khoa học cấp cơ sở nghiệm thu, như đề tài: "Đánh giá thực trạng bệnh nhân viêm tụy cấp điều trị tại Khoa Nội Bệnh viện Đa khoa huyện Quảng Uyên từ tháng 01 năm 2011 đến tháng 12 năm 2013”; “Khảo sát tình hình bệnh nhân ngộ độc thuốc trừ sâu phospho hữu cơ điều trị tại Khoa Nội - Bệnh viện Đa khoa huyện Quảng Uyên từ tháng 01 năm 2013 đến tháng 12 năm 2015”;"Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học, lâm sàng, cận lâm sàng và điều trị bệnh nhân Gút tại Khoa Nội Bệnh viện Đa khoa huyện Quảng Uyên từ tháng 01 năm 2015 đến tháng 12 năm 2017"…
Bs.CKI Hoàng Văn Sóng - Bí thư Chi bộ ngành Y tế huyện Quảng Uyên, Giám đốc TTYT huyện Quảng Uyên cho biết: Là Chủ tịch Công đoàn của đơn vị, trải qua nhiều nhiệm kỳ đồng chí Phùng Thị Vân có năng lực lãnh đạo, điều hành và nhiệt tình trong công tác hoạt động công đoàn, đồng chí đã tham mưu kịp thời cho cấp ủy Đảng, phối hợp cùng với Chính quyền đồng cấp thực hiện hoàn thành xuất sắc các nhiệm vụ công tác chăm sóc và bảo vệ sức khỏe cho nhân dân tại địa phương, được đoàn viên CCVC&LĐ trong đơn vị tin tưởng, học tập và noi theo.
Với những nỗ lực và thành tích đã đạt được trong thời gian qua, bác sĩ Phùng Thị Vân vinh dự là một trong 8 Chủ tịch Công đoàn cấp cơ sở được Liên đoàn Lao động tỉnh Cao Bằng biểu dương, tôn vinh tại Lễ kỷ niệm 90 năm Ngày thành lập Công đoàn Việt Nam (28/7/1929 - 28/7/2019).